El CD Móstoles URJC se fundó el 14 de junio de 1996 con la denominación de CDE El Soto, debido a que su origen estuvo ligado a la AAVV El Soto de Móstoles. Con fecha 28 de mayo de 1999 se desvincula de la citada asociación, y pasa a denominarse CD Juventud de Móstoles.
El C.D Móstoles URJC se funda el 14 de junio de 1996, bajo el nombre de CDE El Soto, ya que en sus orígenes estuvo ligado a la AAVV de El Soto de Móstoles. Tan solo tres años después, el 28 de mayo de 1999 se desvincula definitivamente de la asociación para pasar a denominarse C.D juventud de Móstoles.
Finalmente, no sería hasta el 25 de agosto de 2005 cuando el Móstoles cambiaría su denominación, pasando a llamarse C.D Juventud URJC Móstoles. Aunque aún quedaría un cambio más: en 2012 tras la desaparición del antiguo C.D Móstoles, el C.D Juventud URJC Móstoles consiguió la licitación para el uso del Estadio Municipal El Soto. El nuevo nombre del club sería C.D Móstoles URJC.
El C.D Móstoles URJC nació con un único equipo de Alevín 7 y actualmente cuenta con una estructura que permite al club formar integralmente a jugadores en todas las categorías. El Lema sobre el que se ha construido toda la entidad es: TRABAJO – PASIÓN – CONSTANCIA – VICTORIA. Un lema que ha calado hondo tanto en el club como en sus jugadores.